Netratată, sau nediagnosticată, boala celiacă poate evolua cu complicații. Acestea pot surveni la un pacient cunoscut, necompliant la dieta fără gluten, sau pot fi prima manifestare a unei bolii celiace nediagnosticate.
Cea mai de temut complicație a bolii celiace este limfomul intestinal, dar au fost raportate asocieri și cu alte malignități precum carcinom orofaringian sau cancer scuamos esofagian.
Alte complicații ale bolii celiace sunt:
- malabsorbție
- anemie
- osteopenie/osteoporoză
- complicații reproductive (infertilitate)
- risc crescut de a dezvolta anumite infecții
- criza celiacă